Nel Parco, la fauna minore (anfibi, rettili, invertebrati d’acqua dolce) gioca un importante ruolo per la conservazione della biodiversità e per il mantenimento degli equilibri biologici dell’ambiente naturale, come per esempio corsi d’acqua, aree umide e grotte carsiche.

Tra i crostacei da segnalare la presenza del granchio d’acqua dolce (Potamon fluviatile).

Tra gli anfibi le specie più minacciate a livello regionale sono il raro ululone appenninico dal ventre giallo (Bombina variegata pachypus), il rospo smeraldino (Bufo viridis), il tritone crestato (Triturus carnifex) e la raganella comune (Hyla arborea), oltre alla rana temporaria (Rana temporaria), rara in provincia della Spezia, alla rana appenninica (Rana italica) e alla salamandra pezzata (Salamandra salamandra), la cui presenza è da considerare di particolare pregio. Presente anche il tritone alpestre (Triturus alpestris). Negli ambienti carsici e nelle grotte di Pignone e Riccò del Golfo troviamo il geotritone .

Tra i rettili invece ci sono il geco comune (Tarantola mauritanica), la lucertola (Podarcis muralis), l’orbettino (Anguis fragilis) e il biacco (Coluber viridiflavus). Sul promontorio del Caprione sono presenti anche il ramarro (Lacerta viridis) e la natrice dal collare (Natrix natrix).