Nel complesso la fauna ittica del bacino Magra-Vara è molto varia: sono state censite diverse specie di particolare rilievo scientifico e gestionale.
Tra queste ricordiamola la tinca (Tinca tinca), il cobite (Cobitis bilineata), il cavedano comune (Leuciscus cephalus) e la trota mediterranea autoctona (Salmo cettii). Quest’ultima specie di particolare interesse locale in quanto il suo areale di distribuzione è molto limitato.
Nei fiumi sono inoltre presenti specie alloctone tra le quali il persico sole (Lepomis gibbosus), il persico trota (Micropterus salmoides), il pesce gatto (Ameiurus melas) e la gambusia (Gambusia holbrooki).
Nei fiumi Magra e Vara è presente la lampreda di mare (Petromyzon marinus), quasi estinta nelle acque interne. Il comprensorio Magra-Vara risulta uno dei pochi siti certi in Italia per la riproduzione di questo pesce.
Il Parco, grazie ai finanziamenti europei del progetto LIFE + NATURA: P.A.R.C. “Petromyzon And River Continuity”, ha migliorato lo stato di conservazione di Lampreda di mare (Petromyzon marinus) e delle altre specie ittiche migratrici di interesse comunitario: cheppia (Alosa fallax), vairone (Leuciscus souffia), rovella (Rutilus rubilio) e il barbo (Barbus plebejus).
Durante i monitoraggi realizzati nell’ambito del progetto PARC, è stata rinvenuta la lampreda di fiume (Lampetra fluviatilis), specie che si credeva completamente estinta nel territorio.